Un comité consultatif de gestion est réuni par l’Etat, comprenant les principaux partenaires intéressés : services de l'Etat, collectivités locales, propriétaires, représentants des usagers, associations de protection de la nature, personnalités scientifiques. Il se réunit au moins une fois par an pour évaluer la mission de l'organisme gestionnaire et orienter ses choix.

L'organisme gestionnaire exerce des missions très diverses :
- la surveillance et l'application de la réglementation. Certains agents des réserves naturelles sont commissionnés par le ministre chargé de l'Environnement et assermentés par le procureur pour exercer une mission de police de la nature.
- le suivi scientifique et l'évaluation du patrimoine naturel grâce aux études scientifiques,
- la conception et la mise en oeuvre du plan de gestion, en réalisant les actions de gestion écologique nécessaires au maintien ou à la restauration de ce patrimoine (directement ou par contrat avec des propriétaires, des agriculteurs...),
- dans la mesure où la conservation du patrimoine le permet, l'information et l'accueil de divers publics (les réserves naturelles accueillent chaque année environ 4 millions de visiteurs),
- des activités plus administratives, telles que les demandes d'autorisations de travaux, la gestion financière et du personnel.

L'essentiel des moyens financiers provient de l'autorité administrative à l'origine du classement (ministère chargé de l'environnement) mais les organismes gestionnaires peuvent mobiliser des crédits complémentaires auprès d'autres partenaires publics ou privés.